2809 Sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkındaki Kanun ve buna bağlı olarak 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname uyarınca 11.07.1992 gün ve 21281 sayılı Resmi Gazetede ilan edilerek Karadeniz Teknik Üniversitesine bağlı, Ordu Ziraat Fakültesi adı ile kurulmuştur. 5467 sayılı Kanunun EK 69. Maddesi ile 01.03.2006 tarihinde kabul edilen ve 17.03.2006 tarih, 26111 Sayılı Resmi Gazetede Yayınlanarak, Ordu İlinde yeni kurulan Ordu Üniversitesine bağlanmıştır.

Fakültemiz 1994–1995 eğitim-öğretim yılında Toprak Bölümüne öğrenci alarak, Ordu ili merkez Güzelyalı mahallesinde Devlet Hastanesi olarak yapılan binada eğitim-öğretime başladı. Burada 8 yıl hizmet verdikten sonra 2002 yılında derslik kısmını, 2006 yılında ise Dekanlık (idari) kısmını Ordu-Giresun karayolu üzerinde, merkeze bağlı Cumhuriyet Mahallesindeki Üniversitemiz Cumhuriyet kampüsüne taşınmıştır.

Fakültemizde Ziraat Mühendisliği Lisans ve Lisans Üstü Programı dâhilinde aktif olarak (öğrencisi olan) Bahçe Bitkileri, Tarla Bitkileri Toprak Bilimi ve Bitki Besleme, Bitki Koruma, Gıda Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı ve Zootekni Bölümleri bulunmaktadır. Aktif olmayan bölümler ise; Biyosistem Mühendisliği ve Tarım Ekonomisi Bölümlerinden oluşmaktadır.

Türkiye’de Ziraat Fakültelerinin yeniden yapılanması çerçevesinde 1999–2000 eğitim-öğretim yılından itibaren Gıda Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı, Bitkisel Üretim ve Tarım Teknolojisi bölümleri olarak yeniden düzenlenmiş ve aynı eğitim-öğretim yılında Bitkisel Üretim Bölümüne öğrenci alınmıştır. Daha sonraki süreçte Ziraat Fakültelerinde yeniden yapılanmaya gidilerek 2003–2004 eğitim-öğretim yılından itibaren Ziraat Mühendisliği Lisans Programı, Ziraat Mühendisliği adı altında öğrenci alımı yapılmıştır. Bu öğrenciler ilk üç yıl Ziraat Mühendisliği alanında öğrenim gördükten sonra dördüncü yıl mevcut bölümlere ayrılarak bölümle ilgili eğitim almakta idi. 2009–2010 eğitim-öğretim yılı itibariyle ise tekrar 1999–2000 eğitim-öğretim yılı öncesindeki gibi mevcut bölümler adına öğrenci alımı devam etmektedir.